Schweizer Grossemittenten von Treibhausgasen sind seit dem 1.1.2013 verpflichtet, am Schweizer Emissionshandelssystems (CH-EHS) teilzunehmen. INFRAS hat massgeblich dazu beigetragen, dass die Berechnung der kostenlosen Zuteilung von Emissionsrechten für die Periode 2013-2020  erfolgreich abgeschlossen werden konnte. INFRAS führte als eines von vier vom Bund beauftragten externen Büros die Berechnung der Zuteilungsmengen durch und validierte die Berechnungen anderer Büros. Zudem unterstütze INFRAS das BAFU im Rahmen eines  Beratungsmandats in der Bearbeitung von komplexen methodischen Fragen. Die Berechnung der kostenlosen Zuteilung von Emissionsrechten an EHS-Unternehmen folgt den Vorgaben des BAFU und orientiert sich am System der EU für den europäischen Emissionshandel (EUETS).